전북도의회 행정자치위원회 공기업조사소위원회는 지난 7월 이후 군산의료원에 대한 신축공사 입찰과정의 각종 의혹 제기와 경영 악화에 대한 의혹 조사를 벌여 상당부문의 문제점를 밝혀낸 보고서를 제출했다. 이 보고서에는 군산의료원은 지도 감독체제의 형식적인 운영 등 운영 전반에 걸쳐 심각한 문제점들이 도출됐다고 지적했다. 파견 의사 보수 지급은 원 소속기관에서 지급하는 보수 외에 병원에서 지급하는 제수당은 이사회 의결이후 별도로 정한다는 정관규정을 위반했다. 더욱이 업무추진비의 사용목적 외 사용 및 사용범위 초과 원칙없는 집행방지와 예산집행시 품명, 단가, 수량 명세표 등의 증빙서류가 미흡하고 신축건물과 관련해 잦은 설계용역 및 변경으로 인한 예산낭비요인 적발 후 변상조치와 입찰금액의 산출기준이 되는 산출내역서 없이 입찰실시에 대한 위법사항조사, 높은 낙착율(91.43%)에 의한 공사비 과다책정에 대한 문제점이 보인다고 주장했고 수탁기관장이 원장을 임명하도록 되어있는 것을 도지사가 임명토록 개정해 지도, 감독 및 통제 기능을 강화해야 한다고 밝혔다. 또한 위·수탁계약 이후 의료손실이 최근 3년간 적자를 보이고 있어 획기적인 경영개선을 위한 대책이 없는 한 민영화 방안의 적극적인 검토가 요구된다고 지적했다.